En el año 2552, los humanos del planeta Madrigal han estado luchando por independizarse de la Tierra, pero un encuentro fatal con Alien Covenant complica las cosas. El Jefe Maestro John 117 y sus súper soldados "Spartans" se unen a la lucha. Después de la batalla, Master Chief se dirige a su planeta natal de Reach con un sobreviviente de Madrigal y un objeto misterioso que descubrió en el planeta. Pero una orden controvertida hace que John cuestione su misión y a sí mismo.